Le LAE fait partie de l'un des 10 pôles scientifiques de l'université de Lorraine : le PS Agronomie, Agroalimentaire et Forêt (A2F). Ce pôle a pour objectif de structurer la recherche dans ce secteur de la recherche.
Le LAE fait également parti de structure fédérative Ecosystèmes Forestiers, Agroressources, Bioprocédés et Alimentation (EFABA). Cette structure fédérative coordonne plusieurs plateformes expérimentales. Le LAE est le laboratoire référent pour le Plateau d'Analyse Structural et Métabolomique (PASM) et pour la Plateforme d'Expérimentation sur les Plantes en Lorraine (PEPLor).