Le sol permet, au travers de son fonctionnement et notamment des processus de décomposition et minéralisation des MOS, la fourniture d’éléments minéraux pour la croissance des espèces cultivées. Dans le cadre de l’intensification écologique des systèmes de cultures, la substitution des fertilisants minéraux de synthèse par les processus écologiques nécessite au préalable une meilleure compréhension (i) des fonctions réalisées par la diversité microbienne des sols sous l’action des composantes physiques et chimiques, (ii) de l’impact des systèmes de cultures sur la diversité microbienne, les processus et le niveau de réalisation du service. Dans les agroécosystèmes, le couvert végétal ainsi que les pratiques agricoles agissent comme des filtres écologiques à l’origine d’une sélection des micro-organismes du sol. Différentes expérimentations de terrain sur des systèmes de cultures présentant des gradients de diversité fonctionnelle et/ou de pratiques sont ainsi suivies afin de formaliser les relations pouvant exister entre ces gradients de diversité, les variables microbiennes en lien avec la minéralisation des MOS et la fourniture d’éléments minéraux pour les plantes dans différents contextes pédoclimatiques.