Les végétaux doivent se protéger de multiples agressions dont celles de microorganismes pathogènes. Les plantes ont développé des mécanismes de protection contre ces pathogènes et l’un d’entre eux fait appel à des métabolites spécialisés ayant des activités biocides. Les plantes peuvent également faire « cause commune » avec des microorganismes bénéfiques dont certains d’entre eux sont présents dans les tissus végétaux. Les interactions plante-microorganismes endophytes entrent dans cette catégorie. Le microbiote endophyte participe alors à « l’effort de guerre » contre les pathogènes en améliorant la tolérance et/ou la résistance de la plante.
Les modes d’action du microbiote endophyte sont variés. Il peut synthétiser des molécules antimicrobiennes permettant aux plantes de se protéger contre les pathogènes. Il peut aussi produire des substrats qui seront pris en charge par la machinerie cellulaire de la plante ou inversement prendre en charge des produits synthétisés par les plantes pour les fonctionnaliser de manière spécifique. Enfin, il peut moduler la croissance et la nutrition de la plante et ainsi permettre à la plante de compenser les dommages causés par les agents pathogènes.
Les équipes M2 et AGISEM contribuent à l’étude sur plusieurs modèles végétaux du microbiote bénéfique de la plante via la caractérisation taxonomique et fonctionnelle des communautés bactériennes associées aux plantes (communautés rhizosphériques et endophytes).
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